Le Conseil d’Etat avait à connaître du pourvoi formé contre l’arrêt de la Cour administrative d’appel de Marseille qui a annulé cette délibération.
Dans un premier temps, le Conseil d’Etat a considéré que, contrairement à ce qu’avait estimé la Cour administrative d’appel de Marseille, le contrat de bail à construction conclu entre la communauté urbaine et le port autonome de Marseille, sur le terrain duquel l’usine d’incinération de déchets est implantée, était compatible avec les règles de gestion du domaine public au motif que le titulaire d’une autorisation d’occupation temporaire du domaine public de l’Etat ne porte pas uniquement sur les ouvrages, constructions et installations que réalise le preneur mais peut inclure également le terrain d’assiette de ces constructions.
Dans un second temps, en statuant au fond, le Conseil d’Etat a rejeté les pourvois de la commune de la Fos sur Mer, sur le territoire de laquelle est implantée l’usine d’incinération de déchets, et des associations de protection de l’environnement et des riverains au motif qu’ils ne justifiaient pas d’un intérêt à agir à l’encontre de la délibération litigieuse.
En revanche, l’intérêt à agir de contribuables locaux est confirmé eu égard aux répercussions de la délibération sur les finances de la communauté urbaine.
Ensuite le Conseil d’Etat devait se prononcer sur deux points de droit.
D’une part, il a considéré que la condition d’affectation au service public qui permet d’identifier l’appartenance d’un bien au domaine public est remplie « alors même que le service public en cause est géré par une collectivité publique différente que la collectivité publique qui est propriétaire ».
Dès lors, le terrain sur lequel a été édifiée l’usine d’incinération de déchets était entrée dans le domaine public du port autonome de Marseille, nonobstant la circonstance que le service public auquel elle a été affectée est géré par la communauté urbaine de MPM.
D’autre part, le Conseil d’Etat a estimé que le contrat de bail à construction pouvait porter sur une parcelle appartenant au domaine public, à la condition toutefois que ce contrat respecte les règles prévues par le code général de la propriété des personnes publiques pour les autorisations d'occupation du domaine public constitutives de droits réels, qui sont destinées à assurer une protection effective du domaine public.
En l’espèce, il a constaté que le contrat de bail à construction était illégal puisqu’il ne respectait pas ces règles et contenait des clauses incompatibles avec le droit du domaine public.
Toutefois, compte tenu de ce que la délibération litigieuse portait sur un ensemble indivisible de contrats, dont le contrat de bail à construction, le Conseil d’Etat a laissé la possibilité à la commune, si elle le souhaite, de régulariser la situation en modifiant ce contrat pour le mettre en conformité avec les dispositions du code général de la propriété des personnes publiques.